Από Πειραιά: Με το Super Jet
  Με το Blue Star
Από Νάξο: Με το Σκοπελίτη σε 3 ώρες
  Στη Νάξο φτάνουν πλοία από όλα τα γειτονικά νησιά
Ενδοκυκλαδίτικα δρομολόγια: Mέσα στην εβδομάδα
Για ακριβείς πληροφορίες: 22850 71438
Οι Μικρές Ανατολικές Κυκλάδες στις οποίες ανήκουν τα Κουφονήσια, συνδέονται όλο το χρόνο με το λιμάνι Πειραιά. Το ταξίδι διαρκεί περίπου 8,30 ώρες.
Τα Κουφονήσια μέσω της γραμμής: Μήλος - Φολέγανδρος - Ιος - Θήρα - Κουφονήσι - Αμοργός και της γραμμής Πάρος - Νάξος - Ηρακλειά - Σχοινούσα - Κουφονήσια - Κατάπολα, συνδέονται με τα αντίστοιχα νησιά.
Επίσης έχουν καθημερινή τοπική σύνδεση με τη Νάξο.
Περισσότερες Πληροφορίες:  
Λιμεναρχείο Πειραιά: 210 4226000
Λιμεναρχείο Νάξου: 22850 22300