Esistono 2 versioni per spiegare la provenienza del nome dell' Isola. La prima sostiene che il nome provenga dall' antichita' ed e' stato preso dal Golfo situato tra Ano Kufonissi, Kato Kufonissi e quella di Glaronissi  che si chiamava " Porto Sordo" (KOUFOS LIMIN), cioe' un Porto privo di vento, dove qualsiasi nave poteva trovare un porto sicuro.

La seconda e' stata offerta dal scrittore isolano Manessi  che sostiene la provenienza del nome sia dovuta alle tante grotte attorno all' Isola, Al lato opposto di queste teorie emerge la testimonianza di Antoni Miliaraki, il quale nel 1920 ha scritto che Pano Kufonissi  si chiamasse "Facussa" dalla forma dell' Isola (lenticchia) e che Kato Kufonissi  si chiamasse "Pino" per le tante Pine (razza di pesce gnagna).
Le Isole Kufonissia erano abitate sin dall' era preistorica. Vari  scavi avuti luogo nella regione "Mulini  in Alto" (Epano Mili) hanno portato a luce  tombe ecc. delle era precedente alla civilta' delle Cicladi. Probabilmente il reperto piu' importante e' un' anfora a padella con una stella a 9 raggi incisa sulla superficie, che si trova oggi nel Museo di Naxos. Un' altro scavo sulla costa Est ha rinvenuto reperti ellenici e romani.

Negli anni le Kufonissia hanno seguito la sorte comune di tutte le Isole del Mar Ciclade. Hanno subito l' occupazione dei Veneziani e Turchi, i quali spesso si erano scontrati per la  conquista, specialmente nel 17o Secolo, delle Isole del Mar Egeo. Gli Isolani, sia per necessita' sia per scelta , cooperavano spesso con gente di Mani o con altri Pirati, i quali usavano lo stretto tra Pano e Kato  Kufonissi come rifugio sicuro.

Kufonissia sono state liberate con il resto delle Isole Cicladi e state incorporate al neonato Stato Hellenico nel 1830.
Durante l' Occupazione (1941-1945) gli isolani hanno avuto momenti molto difficili. Dopo la guerra c'erano 1000 abitanti nell' Isola. Molti se ne sono andati, migrando ad Atene  a  lavorare, Le prime linee delle telecomunicazioni  sono state attivate nel 1964 e l' elettricita' nel 1984. Gli isolani erano in comunicazione con le altre Isole, pure con il resto della Grecia, con caicchi ed una nave che faceva scalo ad Iraklia' ogni 8 giorni. Quando il mare era mosso, il medico non era in grado di visitare l' Isola. Nel passato c'era solo un medico per tutte le Piccole Cicladi (Mikres Kiklades).